飞行联队是空军的主体，原有8个联队，实施“精实案”后撤销了第8飞行联队，整编为7个作战飞行联队，其中战斗机联队6个，反潜运输机联队1个。6个战斗机联队中，3个装备f-16型机，1个装备幻影2000-5型机，2个装备idf型机。战斗机联队下辖1个飞行大队、1个维护补给大队、1个基地勤务大队；反潜运输机联队下辖2个运输机大队，1个反潜机大队，1个维护补给大队和1个基地勤务大队。飞行大队是台湾空军的基本战术分队，战斗机中队编制飞机18—22架，运输反潜机中队编制飞机16架。台湾空军的各飞行联队分别驻在桃园、清泉岗、马公、新竹、台中、嘉义、台南、花莲、台东、高雄及屏东等基地，空军基地设有指挥部。
地面联队是台湾空军的技术、勤务保障部队，包括通信航管联队、战术管制联队、气象联队和电讯监测中心等，主要任务是实施技术勤务保障。松山、金门、马公和花东所设的4个指挥部，为空军驻该地区的辅助指挥、管理机构。花东指挥部（东指部）成立于1992年，第8飞行联队撤销后，其所属的第8飞行大队隶属“东指部”。1998年7月，桃园基地成立“桃园指挥部”，第8飞行大队移驻桃园基地，隶属于桃园指挥部。
防空炮兵部队主要担负台湾机场、港口、雷达阵地、飞弹连和指挥机关的防空警卫任务。台湾空军设有防空炮兵警卫司令部，下设北部、中部、南部、东部4个警卫指挥部、8个防炮团，下辖14个防炮营和11个警卫营，共109个连。其中40毫米防炮营下辖4—5个高炮连，每连装备40毫米双管自行高炮8门，12.7毫米4管高射机枪“麻雀”飞弹发射架4部，组成“天兵”防空系统。
近年来，台军以大陆为假想敌，加紧研究“电子战”，成立了相应的机构，组建了相应的部队。2000年初，台空军第20电子战大队正式成立，由预警机中队和电子反制中队组成，主要装备e-2t预警机、ec-130h电子干扰机，基地在屏东。
台湾空军现阶段的建军目标：指管自动化，防空系统化，打击精准化。一是依联合作战系统整合指导，构建远距侦搜能力，绵密雷情涵盖，增加预警时间，争取地对地飞弹“早期预警”及反制能力；二是继续筹建提升侦搜及电子战能力，有效支援作战任务；三是健全防空“精准接战”作为，以战管复式自动化指管系统为中枢，整合侦照机、预警机、电战机、高性能战机及地面防空武器系统等兵力；四是配合新一代战机成军，建立战术空军型态武力，遂行制空任务，并联合友军实施反封锁、地面防卫作战；五是继续整合各类型地面防空武器系统，以提升联合防空作战效能。
第九卷中国篇 台湾空军的专业空中侦察队
更新时间:2006-8-8 21:17:00 本章字数:4822
台湾空军成立专业空中侦察单位的时间很早，可追溯到1935年，当年国民党军队成立了空军第12队。国民党政府溃败台湾后，台空军在相当长一段时期内频繁派侦察机窜入大陆上空进行侦察。为实施侦察，台空军还专门派出战斗机对侦察机的侦察活动进行掩护，台海上空多次空战全部是因此而触发，从中可从看出，“侦察”在台空军中的重要性。
根据台湾空军的说法，台湾空军的侦察分为“过去时期”、“当前阶段”和“未来侦察”三个阶段。在台空军溃逃台湾之后，一直到rf—104g侦察机退役，被称作台空军战术侦察的“过去时期”。这段时期不但机型众多，当时的作战任务也与现在有很大不同。
第12队
在台空军的侦察部队中，第12队成立的时间最长，且时至今日仍是台空军侦照部队的主力。1949年，第12队由南京迁到台湾，最早使用的是rf—38型侦照机，不久换装成rf—51型侦察机，并对大陆东南沿海进行不间断的空中侦察。随着大陆解放军空军战机性能的提升，台第12队的侦察机也逐步升级，此后换装rf—86与rf—84。在1958年台海战役期间，担任战术侦察主力的就是12队的rf—84侦照机。
据台湾空军自称，通过空中侦察，台空军过去多次掌握了解放军的一些重要作战动向，如1958年8月“八二三”炮战前后，台空军第12中队对大陆东南沿海进行一系列侦照，侦察到大陆集中大量人员与作战物资至金门对面，台“国防部”因此判断解放军将在金门附近有大动作，并进行了相应准备。当时，台空军採取各种空中侦察战术对策，如“声东击西战术”、“忽进忽退战术”、“利用云层掩蔽”、“欺诈战术”等，并在侦察的同时实施“报复作战战术”。当年9月24日，掩护12中队侦照的台空军第11大队的f—86f战机，向解放军米格17战机发射响尾蛇飞弹，从此台海之间的空战进入飞弹交战阶段，并改变了此后十年战机的设计与空战战术。
1963年8月12日，台空军12队开始实施“阿里山3号”的换装作业，装备了rf—104g侦察机。换装之初，这批飞机装置ks—67a相机，以3镜头拍摄立体空照图。这种空照图可以让判图官判定目标真实性。换装后，第12中队利用rf—104g的高速性能，多次以低空突入方式强行对大陆进行侦照。1967年1月13日，第12队的rf—104g与解放军米格19战机在金门附近进行了空战，这是迄今为止两岸之间发生的最后一场空战。