舒尔哈齐被夺去兵权后，郁闷不乐，常出怨言，认为活着还不如死了的好。不久，他移居黑扯木（地名），远离胞兄。据《满文老档》记载：万历三十七年（1609年）三月十三日，努尔哈赤“尽夺赐弟贝勒之国人、僚友以及诸物”，又命将忠于舒尔哈齐的大臣乌尔坤吊在树上，下积柴草，以火烧死。这明显是给舒尔哈齐脸色看。
舒尔哈齐口头上表示悔改，而心中更加郁愤难平，史书上记载说：“弟贝勒仍不满其兄聪睿恭敬汗之待遇，不屑天赐之安乐生活，遂于辛亥年（万历三十九年）八月十九日卒。”（《满文老档》上，第一册）
关于舒尔哈齐之死，清朝史书记载的都非常简略。《清太祖高皇帝实录》万历三十九年（1611年）八月记载：“上弟达尔汉（汉语意为“神圣”）巴图鲁贝勒舒尔哈齐薨（hong），年四十八。”清朝官书都仅用一个“薨”字，记述舒尔哈齐的死。舒尔哈齐的墓在东京陵（今辽宁辽阳）。明朝人和朝鲜方面记载说努尔哈赤对其胞弟舒尔哈齐“计杀之”、“腰斩之”，但不是直接史料。所以说，舒尔哈齐究竟是病死，幽禁而死，还是被努尔哈赤杀死？实际情形不得而知，成为一个历史之谜。
至于努尔哈赤与舒尔哈齐兄弟矛盾逐渐激化的原因有三说：
其一，明朝人认为，他们兄弟之争是因对明朝政策的分歧；
其二，朝鲜人认为，他们兄弟之争是因对权位利益的贪慾；
其三，近年有人认为，他们兄弟为了争夺一个女人——叶赫老女。这毫无根据，当属戏说。
第二，褚英地位迅速上升。《无圈点老档》开篇记载：万历三十五年（1607年），褚英28岁，在乌碣岩之战中，立下大功，被赐号阿尔哈图土门（汉语为“广略”之意，也就是“大智勇”的意思）。第二年，褚英偕贝勒等率军进攻乌拉，攻克宜罕山城。旋因居长，屡有军功，被授命执掌国政（《清史列传·褚英》）。这年他29岁。
但是，“福兮祸之所伏”。褚英执掌国政，对这位年轻贝勒来说，是福还是祸？
二、杀子始末
褚英柄政之后，因年纪轻，资历较浅，而又心胸偏狭，操切过急，受到“四贝勒”、“五大臣”内外两方面的反对。
“四贝勒”即努尔哈赤“爱如心肝”的四个子侄：次子代善、侄子阿敏、五子莽古尔泰、八子皇太极。代善是褚英的胞弟，比褚英小3岁；阿敏是褚英的堂弟、舒尔哈齐第二子，父亲死后被努尔哈赤收养；莽古尔泰是褚英的五弟，作战骁勇，骑射精通；皇太极是褚英的八弟，聪睿精明，武艺高强。他们拥权势、统军队、厚财帛、领部民，以德、功、长、能，于天命元年（1616年）被授为和硕贝勒。
建州没有立嫡以长的传统，诸弟们不满于褚英当嗣子、主国政的地位。但他们如果直接上告对长兄的不满，似有争嗣之嫌，于是同“五大臣”联合，倾轧褚英。
“五大臣”就是努尔哈赤“信用恩养、同甘共苦”的费英东、额亦都、何和里、安费扬古、扈尔汉。他们早年便追随努尔哈赤，威望高，权势重，历战阵，建殊勛，攻克图伦城时褚英尚在襁褓之中。
五大臣也不满于褚英专军机、裁政事的地位，力求同“四贝勒”结合，共同扳倒褚英。“五大臣”首告嗣储褚英，似有贰心之嫌。
从褚英方面来说，他对“五大臣”这样建州的“柱石”和“元勛”，缺乏谦恭的态度；对诸弟又没有笼络的智术，而是想趁父汗努尔哈赤在世时，逐渐削夺他们的财富和权力，以便巩固自己的储位。这样的做法使“四贝勒”与“五大臣”人人自危，更促进了他们的联合。由是，褚英陷于孤立。
双方矛盾的逐渐明朗化和日渐激化，使努尔哈赤不得不在长子褚英和“四贝勒”、“五大臣”之间作一个抉择。他反覆权衡，最终决定疏远褚英。尔后两次进攻乌拉，努尔哈赤都没有派褚英出征，而让他在家留守。
褚英并没有从中汲取教训，反躬自省，暗自韬晦。相反，《清史稿·褚英传》记载：“褚英意不自得，焚表告天自诉”，于是获“咀呪”之罪（《清史稿》卷二一六）。万历四十一年（1613年）三月二十六日，努尔哈赤命将长子褚英幽禁在高墙之中。
“四贝勒”和“五大臣”藉机联合向努尔哈赤告发褚英。努尔哈赤让他们每人写一份文书呈送。《满文老档·太祖》癸丑年即万历四十一年（1613年）记载他们控告褚英的“罪状”是：
第一，褚英挑拨离间，使“四贝勒”、“五大臣”彼此不和；
第二，声称要索取诸弟贝勒的财物、马匹，引起诸弟不满；
第三，曾言：“我即位后，将诛杀与我为恶的诸弟、诸大臣。”
这些罪状无疑加速了褚英的悲剧进程，而他此时已经失去了申辩的权利。
万历四十三年（1615年）八月二十二日，褚英死，年仅36岁。后葬在清东京陵。
褚英是病死，是幽禁而死，还是被处死？在褚英死后300多年时间里一直是一个历史之谜。《清史列传·褚英》、《清史稿·褚英传》记载：“乙卯闰八月（《无圈点老档》记作“八月”），死于禁所。”也没有交待褚英的死因。《满文老档》记载褚英事迹也很简略。